Ilir Beqaj fitoi edhe dy javë e gjysmë kohë në gjykimin e çështjes penale për aferën e sterilizimit, ku akuzohet për “vjedhje duke shpërdoruar detyrën” dhe “grup të strukturuar kriminal”. Trupi gjykues i Gjykatës së Posaçme të Shkallës së Parë, i kryesuar nga gjyqtarja Rudina Palloj, edhe këtë herë pranoi kërkesën e përfaqësuesit ligjor të Beqajt, avokatit Ermal Yzeiraj për shtyrjen dhe të kësaj seance, për t’ju dhënë mundësia që të përfundojnë dëgjimin e gjithë seancave audio, si për të formuluar kërkimet paraprake.
Në fillim të seancës të enjten më 15 janar, gjykata bëri me dije se Drejtoria e Burgjeve kishte kthyer përgjigje për kërkesën Beqajt për të dëgjuar regjistrimet audio përmes një kompjuteri të palidhur me internetin, me argumentin se nuk e kanë infrastrukturën e nevojshme.
Avokati Yzeiraj vërejti se u duhet edhe një shtyrje seance për t’i dëgjuar të gjitha regjistrimet e të përgatisin kërkimet e qëndrimet e tyre. Në vijim, ai pretendoi se prokurorët e SPAK nuk janë të qartë në akuzën e paraqitur, pasi ka specifikuar se është vendimi i gjyqtares së seancës paraprake. Ai kërkoi që të dëgjohet regjistrimi i seancës audio kur prokurorët Ened Nakuçi dhe Edvin Kondili kanë paraqitur akuzën ndaj Beqajt dhe të vendosi gjykata nëse ka akuzë të SPAK.
Prokurorët e akuzuan dhe kërkuan gjykimin e Beqajt për “shpërdorim detyre” të kryer në bashkëpunim, por gjyqtarja e seancës paraprake, Flojera Davidhi i ftoi ata të ndryshonin akuzat ndaj tij. Në përfundim, ish-ministri i Shëndetësisë u akuzua për “vjedhje duke shpërdoruar detyrën” dhe “grup i strukturar kriminal”.
Avokati Yzeiraj tha se strategjia e tij në këtë çështje është që, nëse prokuroria nuk ka ndonjë akuzë, të kërkojë kontrollin incidental në Gjykatën Kushtetuese.
Ashtu si në çdo seancë, Beqaj paraqiti deklaratë, kur në këtë rast pretendoi se koncesioni nuk ka sjellë ndonjë dëm, pasi me vendim të qeverisë, shërbimi po i kthehet shtetit.
Në përfundim, gjykata pranoi kërkesën për shtyrje dhe seanca e ardhshme u caktua të zhvillohet më datë 3 shkurt, në orën 12:00.
Ilir Beqaj u zgjodh ministër i Shëndetësisë në kabinetin e parë të kryeministrit Edi Rama dhe gjatë drejtimit të tij në vitet 2013-2017, u firmosën tre kontrata koncesionare prej dhjetra milionë eurosh për shërbime të sistemit shëndetësor.
Prej vitit 2021, Beqaj drejtonte Agjencinë Shtetërore të Programit Strategjik dhe Koordinimit të Ndihmës, SASPAC, post nga u dorëhoq në nëntor të vitit 2023. Në tetor të atij viti ai u bë gjithashtu pjesë e grupit negociator për integrimin e Shqipërisë në Bashkimin Europian.
Veç për aferën e sterilizimit, Beqaj është dërguar për gjykim në fillim të muajit prill së bashku me 10 të pandehurit të tjerë për aferën korruptive me fondet e ndihmës nga Bashkimi Evropian nëpërmjet procedurave të pavërteta të prokurimit dhe pastrimit të parave përmes faturave fiktive, në kuhën kur ai drejtonte SASPAC.
